Computational screening of natural and engineered formolase variants

Sammanfattning

Målet med detta examensarbete har varit att tillämpa och utvärdera ledande beräkningsbaserade metoder för proteindesign och -bedömning, för att göra det möjligt för kollegor att konstruera förbättrade varianter av enzymet formolas (FLS). Genom att modellera, designa och rangordna kandidatsekvenser och -strukturer med hjälp av fysikbaserade metoder och maskininlärningsbaserade metoder syftade projektet till att förbättra de katalytiska egenskaperna hos formolas, samtidigt som det kritiskt utvärderade de beräkningsverktygens prediktiva förmåga och begränsningar. Det kombinerade arbetsflödet demonstrerade hur strukturjämförelse, docking och stabilitetsbaserade bedömningsmetoder kan integreras för att beräkningsmässigt utvärdera konstruerade enzymer. Projektet har förhållit sig kritiskt till de utmaningar och systematiska felkällor som uppstod vid utvecklingen av det beräkningsbaserade arbetsflödet.