Selection of multivalent DNA-based binders for norovirus

Sammanfattning

Aptamerer är nukleinsyra-baserade molekyler som binder specifikt till en målstruktur. Aptamerer har flera fördelar över antikroppar, så som snabb och billig framtagning och produktion. Multimera aptamer-baserade strukturer har visats ge bättre resultat än monomera aptamerer, men framtagningen av sådana strukturer är tidskrävande och icke-skalbar. Denna studie utforskar generering och selektion av multimera aptamer-baserade strukturer genom slumpmässig ligering och in vitro-evolution, med virusliknande partiklar av norovirus GII.2 och GII.4 som målstruktur. Optimering av ligeringsförhållanden visade att en större andel aptamerer, flerarmade fragment, och linjära fragment resulterade i störst diversitet i den ursprungliga strukturblandingen. Selektionsexperiment uppvisade kraftig positiv selektion för strukturer innehållande aptameren Buf-2, vilket indikerar att den har hög affinitet för båda genotyper. Aptameren SMV21 uppvisade också positiv selektion för båda genotyper. Studien finner också positiv selektion av multimera aptamer-baserade strukturer, vilket bekräftar att de binder starkare till sin målstruktur. Potentiella sekvenser med hög affinitet togs fram genom att generera konsensus-sekvenser från sekvenseringsdatan av de selekterade strukturerna. SPR användes för att mäta affiniteten av de selekterade strukturerna till norovirus, men på grund av ospecifik binding kunde inga slutsatser dras.