Utvärdering av EZ2 Connect MDx för DNA extraktion från formalinfixerat och paraffininbäddat vävnadsmaterial

Sammanfattning

Formalinfixerat och paraffininbäddat vävnadsmaterial (FFPE-material) utgör det huvudsakliga patientmaterialet inom klinisk patologi. Molekylär patologi har bidragit till ökad precisionsmedicin och precisionsdiagnostik inom onkologi. DNA extraktion från FFPE-material omfattar fyra huvudsteg: avparaffinering, lysering, reversering av korsbindningar och rening, där reningen kan ske med magnetpartikelbaserade eller silika-kolonn-baserade metoder. Syftet var att utvärdera EZ2 Connect MDx (EZ2) förmåga att effektivt och tillförlitligt extrahera DNA från olika typer av FFPE-material, jämfört med QIAcube ConnectMDx (QIAcube) och magLEAD 12gC. Arbetet inkluderade 24 kolonvävnadsprover och 48 lungvävnadsprover, där lungvävnadsproverna extraherades i olika snittstorlekar med både EZ2 och QIAcube. Samtliga prover analyserades med spektrofotometri och fluorometri samt elektrofores. Resultaten visade att samtliga tre metoder är lämpliga för DNA extraktion från kolonvävnad. QIAcube gav högst DNA koncentration och bäst kvalitet vid extraktion från kolonproverna. EZ2 gav högre DNA koncentration och bättre kvalitet för lungproverna än QIAcube. Sammantaget visar arbetet att EZ2 möjliggör tillförlitlig extraktion av DNA från FFPE-material, men att både mängd och kvalitet varierar beroende på vävnadstyp samt provmängd.