Investigating a Copy Number Variation model for Schizophrenia Risk:a Spatially Resolved Transcriptomics Study

Sammanfattning

De bakomliggande orsakerna till schizofreni, ar fortsatt svarforstadda trots dess stora inverkan pa patienters liv. Genom schizofrenins uppskattade 79% arftlighet, ar en nyckel for att forsta tillstandet att analysera den genetiska 22q11.2-deletionen som okar risken for SCZ med 28 ganger. Denna studie undersoker effekterna av 22q11.2-deletionen pa celltypsmangder och celltypssamlokalisering hos moss I prefrontala cortex med hjalp av Xenium-plattformen, en spatial transkriptomik-metod. Undersokningen utfordes pa nio koronala sektioner, inklusive fyra moss med 22q11.2-deletionen och fem WT-kontroller. Celltyper annoterades med hjalp av scMap-algoritmen och ett referens scRNA-seq dataset med de 345 generna i Xenium-panelen. DIMPLE-algoritmen anvandes for att analysera celltyps samlokalisering, med anvandning av isotropisk Gaussisk karnutjamning och Jensen-Shannon-avstandsberakningar. Spatstat anvandes for att mata celltypsmangder med hjalp av beraknade intensiteter. Resultaten visade inga signifikanta skillnader i celltypsmangd eller celltypsfordelning mellan 22q11.2-deletions- och WT-grupperna i denna undersokning av 32 298 celler i den prefrontala cortexen. Aven om specifika skillnader kan finnas mellan olika lager av den prefrontala cortexen samt att med en store provstorlek gar det att minska effekten av individuella variationer sa tackte denna analys inte sadana scenarier.Det finns begransningar i denna studie eftersom det bara ar en jamforelse med 32 298 celler och darfor bor framtida forskning fokusera pa att analysera storre prov samt att undersoka potentiella lagerspecifika skillnader for att ytterligare belysa de cellulara konsekvenserna av 22q11.2-deletionen. Vidare ar det viktigt att inse att cellular funktion och aktivitet fortfarande kan skilja sig at. Cellular aktivitet, inklusive synaptisk overforing, signaltransduktion och metaboliska processer, spelar en avgorande roll i hjarnans funktion och kan fortfarande paverkas av 22q11.2-deletionen. Differentiell genanalys kan anvandas for att ytterligare forklara skillnaderna mellan 22q11.2 och WT.